Les lagomorphes sont des herbivores stricts dotés d'un système digestif complexe, composé d'un microbiote intestinal varié et fragile. Tout déséquilibre de cette microflore, composée de bactéries, levures et archées, entraîne des perturbations du transit intestinal voire des stases.

La physiologie digestive du lapin est exclusivement adaptée à l’ingestion d’aliments fibreux contenus dans les légumes, les végétaux frais et/ou séchés. Les fibres sont composées de parois cellulaires végétales à base d'hydrates de carbone plus ou moins complexes (les polysaccharides, la cellulose, l'hémicellulose, les gommes et les pectines etc) intégrés au sein d’une matrice de lignine.

On distingue deux types de fibres, différentes de par leur taille et leur digestibilité :

• Les fibres solubles, dites digestibles, de petites taille (<0,3mm)
• Les fibres insolubles, dites indigestibles, de grande taille (>0,5mm)

La digestion des fibres chez le lapin est très organisée. Une première digestion, dite précaecale, est effectuée par les enzymes contenues dans l'estomac et l'intestin grêle. Les fibres qui arrivent dans l’intestin postérieur ont deux possibilités : soit elles sont dégradées (par le microbiote cæcal), soit elles sont expulsées sans être digérées.

Le côlon proximal a pour rôle de séparer les fibres indigestibles (ne pouvant pas être fermentées) des fibres digestibles (fermentescibles par les bactéries dans le cæcum). Cette séparation est effectuée en fonction de la taille des particules de fibres :

- Les grosses particules de fibres passent dans le côlon, où elles seront rapidement expulsées dans les caecotrophes.
- Les petites particules de fibres se retrouvent dans le caecum pour subir une fermentation bactérienne.

Les fibres insolubles (cellulose ou lignine) stimulent la motilité intestinale et n’ont aucune valeur nutritive. Cette augmentation du péristaltisme intestinal déplace les aliments digérés et les liquides dans le caecum, lieu de la fermentation bactérienne. Cela évite la prolifération anormale de bactéries dans l’intestin et donc l’accumulation de gaz issus des produits de fermentations. Le rôle des fibres insolubles notamment contenues dans les fourrages comme le foin, permet de stimuler l’appétit du lapin et de favoriser l’ingestion des caecotrophes.

Les fibres solubles (retrouvées sous forme d’hémicellulose et de pectine) vont être digérées en fonction de leur composition chimique. Elles fournissent un substrat nutritionnel pour la microflore caecale. Cela permet d’obtenir un pH caecal optimal pour une production d’acides gras volatils et ainsi empêcher la prolifération de bactéries pathogènes. Les fibres solubles n’ont pas d’effet direct sur la motricité intestinale. Elles assurent une consistante plus ferme des caecotrophes.

L’apport en fibres dans l’alimentation, qu’elles soient solubles ou insolubles, est très important pour garantir un bon état de santé du lapin. C’est pourquoi, lors de périodes difficiles (évènement stressant, traitement antibiotique, changement brutal dans le régime alimentaire...) l’apport en fibres et en pré et probiotiques est nécessaire pour limiter les problèmes gastro-intestinaux (diarrhées, stases, trichobézoards, malocclusions dentaires etc). En diluant le niveau énergétique de la ration, les fibres préviennent également l’obésité du lapin.